Universitas Muslim Buton (UMU Buton) didirikan berdasarkan Surat Keputusan (SK) Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi No. 391/KPT/I/2019 yang diterbitkan pada 20 Mei 2020 tentang izin pendirian Universitas Muslim Buton. Sementara, peresmian universitas dilakukan pada 20 juli 2019 oleh Kepala LLDikti Wilayah Sulawesi dan Gorontalo dan Sekretaris LLDikti.

Berdirinya Universitas Muslim Buton merupakan wujud kontribusi Yayasan Pendidikan Indonesia Kepulauan Buton kepada masyarakat melalui penyelenggaraan pendidikan tinggi. Universitas Muslim Buton didirikan dengan semangat menjadi perguruan tinggi Unggul dan Berprestasi. Pengelolaan Universitas Muslim Buton dilakukan oleh Yayasan Pendidikan Indonesia Kepulauan Buton yang selama Priode 2019-2020 telah mendanai untuk berbagai kegiatan persiapan pelaksanaan  Tridharma Perguruan Tinggi terutama penyelenggaraan pendidikan dan sarana prasarana kampus.

Sementara pelaksanaan tahun akademik 2019-2020 adalah tahun pertama menyelenggarakan proses pendidikan dengan berbagai keterbatasan, Yayasan Pendidikan Indonesia Kepulauan Buton disamping  menyelenggarakan proses pendidikan juga mempersiapkan Sumber Daya Dosen dan Tenaga Kependidikan dengan standar minimum sesuai Undang-Undang Pendidikan Tinggi.