Untuk mencapai cita-cita yang termuat dalam visi tersebut, maka misi yang diemban oleh Universitas Muslim Buton (UMU-Buton) adalah sebagai berikut :

1. Membangkitkan kekuatan moral dan kesadaran jiwa dalam kehidupan islami bagi segenap komponen kampus tentang keberadaan penciptaan alam Allah SWT dan sadar bahwa setiap kehidupan mempunyai hak untuk dihargai.
2. Menyelenggarakan proses pendidikan agar peserta didik menjadi manusia yang berkemampuan akademik dan/atau profesional, berkualitas, menghargai nilai-nilai good governance serta berkepribadian.
3. Memberikan kontribusi nyata dalam pengembangan dan penyebarluasan ilmu pengetahuan dan teknologi serta mengupayakan penggunaannya untuk meningkatkan taraf kehidupan masyarakat.
4. Menyelenggarakan pendidikan dan pembelajaran yang memiliki keunggulan inovasi dan entrepreneur spirit.
5. Berperan sebagai pusat pengembangan serta menyelenggarakan pembinaan dan pengembangan civitas akademika berdasarkan dengan nilai-nilai Islam, Ahlussunnah Wal Jama‟ah An-Nahdliyah